Universiti Ural ditubuhkan pada 1920 di Yekaterinburg menerusi dekri daripada pihak kerajaan Soviet. Meskipun begitu, akibat masalah pengurusan, Universiti Ural terpaksa menamatkan atau menstruktur semula beberapa fakultinya seperti perpindahan fakulti perubatan ke Universiti Negeri Perm. Lama kelamaan, universiti ini terpisah kepada Universiti Negeri Ural dan Universiti Teknikal Negeri Ural. USU berfokuskan kepada sains alam dan bidang kemanusiaan manakala USTU-UPI berfokus kepada bidang kejuruteraan. Sungguhpun terpisah, kedua-dua universiti masih mempunyai hubungan yang rapat.

Pada 2008, rombakan semula sistem pendidikan tinggi Rusia membawa kepada penaiktarafan beberapa universiti di Rusia menjadi universiti persekutuan. Presiden Rusia Dmitry Medvedev pada 2009 telah mengisytiharkan sebuah dekri untuk menggabungkan semula USU dan USTU-UPI untuk membentuk UFU.[4] Bekas ketua kerajaan Wilayah Sverdlovsk, Viktor Koksharov dilantik sebagai bakal rektor universiti itu oleh Presiden Vladimir Putin pada 8 April 2010.[5] Pada Februari 2011, Menteri Pendidikan dan Sains Andrei Fursenko menandatangani peraturan berkenaan penggabungan tersebut dan berkuatkuasa dalam masa tiga bulan.[6] Pada 11 Mac 2011, kedua-dua universiti secara rasminya bergabung semula menjadi UFU.

UrFU membantu dalam pembentukan universiti teknikal swasta tunggal Rusia, Universiti Teknikal UMMC bersama-sama Syarikat Perlombongan dan Metalurgi Ural (UMMC). UrFU telah membelanjakan kira-kira RUB171 juta untuk membeli peralatan saintifik khas manakala UMMC membelanjakan kira-kira RUB200 juta bagi tujuan pembinaan bangunan kampus.[7]