Kini USIM mempunyai 9 buah fakulti iaitu:

• Fakulti Pengajian Quran & Sunnah (FPQS)
• Fakulti Kepimpinan & Pengurusan (FKP)
• Fakulti Syariah & Undang-Undang (FSU)
• Fakulti Ekonomi & Muamalat (FEM)
• Fakulti Sains & Teknologi (FST)
• Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan (FPSK)
• Fakulti Pengajian Bahasa Utama (FPBU)
• Fakulti Pergigian (FPG)
• Fakulti Kejuruteraan & Alam Bina (FKAB)

Fakulti Pengajian Quran dan Sunnah (FPQS), Fakulti Dakwah dan Pengurusan Islam (FDPI) dan Fakulti Syariah dan Kehakiman (FSK) adalah tiga fakulti terawal ditubuhkan di USIM. Ketiga-tiga fakulti adalah teras utama bidang Pengajian Islam yang bermatlamat mengembalikan tradisi keilmuan Islam berasaskan sumber utama keilmuan dan ketamadunannya iaitu al-Quran, sunah, akidah, syariah dan dakwah.

Penubuhan ketiga-tiga fakulti ini membantu menangani keperluan dan cabaran semasa masyarakat Islam, melahirkan bakat yang kukuh penghayatan nilai Islamnya dan mahir dalam bidang pengkhususan yang diceburi serta mampu berinteraksi dengan berkesan. Seterusnya, siswazah ini kelak mampu memimpin masyarakat majmuk serta mempunyai potensi yang tinggi untuk menerajui pembangunan negara seperti yang tercatat pada objektif ketiga penubuhan Universiti.

Atas faktor keperluan perkembangan staf serta penuntut, USIM mula berpindah ke Kampus Pandan Indah pada 7 Zulkaedah 1422 H (21 Januari 2002 EM) dengan pertambahan fakulti iaitu Fakulti Ekonomi dan Muamalat (FEM). Setelah hampir tiga tahun di kampus tersebut, USIM akhirnya berpindah ke kampus tetap di Bandar Baru Nilai, Negeri Sembilan pada sesi akademik 2005/2006.

Dengan bertapaknya USIM di Nilai, ia memberi ruang fizikal untuk perkembangannya dalam meneruskan hasrat memartabatkan pendidikan Islam dengan pengertian yang luas dan membawa lulusan sekolah agama ke dalam arus perdana sistem pendidikan negara. Ia bagi membolehkan penuntut ini mengikuti pelbagai bidang pengajian profesional dan dalam masa yang sama berupaya melestarikan pengajian Islam yang menjadi latar belakang pendidikan mereka.

Sejajar dengan matlamat tersebut, USIM menubuhkan beberapa fakulti lain dengan penawaran pelbagai disiplin ilmu dan bidang profesional. Ia bermula dengan penubuhan Fakulti Ekonomi dan Muamalat (FEM) pada 1422 H (2002 EM), Fakulti Sains dan Teknologi (FST) pada 1423 H (2003 EM), Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan (FPSK) pada 1424 H (2004 EM), Fakulti Pengajian Bahasa Utama (FBPU) pada 1425 H (2005 EM), Fakulti Pergigian (FPg) pada 1426 H (2006 EM), dan Fakulti Kejuruteraan dan Alam Bina (FKAB) pada 1437 H (2016 EM). Semua program yang ditawarkan di kesemua fakulti adalah berteraskan integrasi ilmu naqli dan aqli dengan memberi penekanan kepada penguasaan bahasa Arab dan bahasa Inggeris. 

FDPI bermula dengan hanya menawarkan Sarjana Muda Dakwah dan Pengurusan Islam di peringkat Sarjana Muda. Pertambahan dua lagi penawaran program akademik iaitu Sarjana Muda Kaunseling dan Sarjana Muda Komunikasi memperluas skop pengajian di FDPI membuatkan nama fakulti ini diperbaharui kepada Fakulti Kepimpinan dan Pengurusan (FKP). Kepelbagaian bidang akademik di FKP diperkukuh lagi dengan penawaran dua program iaitu Sarjana Muda Pengajian Akidah dan Agama dan Sarjana Muda Komunikasi Media Baharu.

FSK turut melalui proses penjenamaan semula dengan diberi nama Fakulti Syariah dan Undang-undang (FSU) pada 1423 H (2003 EM), berdasarkan keunikan paduan sistem syariah dan undang-undang di Malaysia. Dengan penjenamaan ini, FSU menyerlahkan kemajuan dalam proses pengajaran dan pembelajaran (P&P) serta penyelidikan yang memenuhi keperluan semasa di lapangan perundangan.

FST yang ditubuhkan pada 1423 H (2003 EM) berusaha menghasilkan pakar dalam bidang-bidang kritikal dan intelektual Islam yang mampu menjana kepada kemajuan ilmu sains dan teknologi. Antara program yang ditawarkan di FST adalah Bioteknologi Makanan, Sains Aktuari dan Pengurusan Risiko, Sains Komputer dengan Pengkhususan Keselamatan dan Jaminan Maklumat, Matematik Kewangan, Fizik Gunaan dan Teknologi Kimia Industri. Di samping itu, dengan falsafah bahawa kesihatan adalah kekayaan, USIM turut menyumbang dalam penjagaan kesihatan ummah melalui penubuhan FPSK dan FPg.

Terkini, FKAB dibangunkan pada 1437 H (2016EM) dengan matlamat mengembangkan pelbagai ilmu amali sains kejuruteraan dan seni bina Islam. Program Kejuruteraan Elektronik dan Program Seni Bina merupakan dua kursus yang menjadi tunjang dalam meluaskan pengetahuan dan kemahiran reka bentuk kreatif, imaginatif, etika kemanusiaan dan kebolehupayaan teknikal.