Wajo bermula sebelum abad ke-14 di bawah kuasa Luwu. Penempatan ini kemudiannya berkembang menjadi sebuah kerajaan Bugis yang kuat dan menguasai Luwu pula pada sekitar 1500. Sekitar 1535, Wajo diserang oleh Goa, Bone, Luwu dan Soppeng disebabkan kerajaannya bersifat berkecuali ketika negeri-negeri Bugis ini berperang.

Kesan peperangan antara Bone dan British ketika British menduduki Sulawesi pada tahun 1810 paling teruk dirasai di Wajo. Ini menyebabkan lebih ramai rakyat Wajo berhijrah untuk mencari tanah baru.