Beliau (sewaktu berumur 23 tahun) berkahwin dengan Dato' Seri Dr. (HC) Anwar Ibrahim (sewaktu berumur 28 tahun) dan bekerja di Hospital Besar Kuala Lumpur.[6] Sejak 1973 lagi, perkenalan mereka menerusi sekeping gambar Anwar yang ketika itu telah menjadi Presiden ABIM. Pertemuan diatur oleh sahabat mereka pada 1979, ketika Revolusi Iran sedang memuncak. Pertemuan pertama mereka di kantin HBKL dan berakhir di jinjang pelamin pada 26 Februari 1980. Mulanya tidak begitu direstui oleh bapanya Wan Ismail tetapi selepas mendapat anak pertama, hubungan kekeluargaan semakin akrab.[7]

Bapanya, Dato’ Dr. Wan Ismail Wan Mahmood berasal dari Sungai Bakap, Seberang Perai, Pulau Pinang. Bapanya menjadi pegawai kerajaan selama 30 tahun dan terakhir di Majlis Keselamatan Negara dengan tumpuan kepada pengganas komunis. Wan Ismail berkahwin dengan Datin Mariah Khamis seorang suri rumah sepenuh masa dan keturunan Peranakan Cina dari datuk sebelah bapanya. Keluarga Wan Ismail berasal dari Kampung Laut, Pasir Mas, Kelantan.

Beliau merupakan anak kedua dari lima adik beradik. Adik lelakinya ialah profesor di USM. Adik perempuannya pula bekerja sebagai jurugambar di Bernama. Seterusnya, adik perempuan bongsunya menjadi peguam di Kuala Lumpur. Ketika ibu bapanya berhijrah ke London, Azizah diserahkan sementara kepada pakciknya Che Rus bin Tahir dan Wan Asma Wan Mahmood di Alor Setar. Bapa angkatnya bekerja sebagai Merinyu Kesihatan bagi Kedah/Perlis dan mendedahkannya kepada kesihatan awam.

Anak mereka, Nurul Izzah Anwar telah berkahwin dengan Raja Shahrir semasa Anwar masih meringkuk di Penjara Sungai Buloh. Ketika itu, Anwar memakai nombor baju bernombor 28/98. Selepas merayu, Anwar dbenarkan keluar daripada penjara untuk menjadi wali anaknya. Perkara yang sama berlaku apabila Ihsan berkahwin dengan Syaheedah. Anwar telah dibebaskan pada 2 September 2004 ketika Tun Abdullah Ahmad Badawi menjadi Perdana Menteri Malaysia.