Perjuangan di dalam DAP

Beliau pernah menjawat sebagai Ketua Penerangan di Parti Tindakan Demokratik (DAP), namun selepas kegagalannya untuk cuba menggulingkan Lim Kit Siang, beliau disingkirkan daripada DAP. Beliau membawa para penyokongnya untuk menubuhkan Parti Demokratik Malaysia (MDP) dan bertanding dalam Pilihanraya Umum Malaysia 1999 dan Pilihanraya Umum Malaysia 2004, tetapi tidak pernah memenangi apa-apa kerusi. Sejak penubuhan partinya, beliau menjawat sebagai Ketua Setiausaha partinya, pemimpin yang tertinggi dalam parti ini.[3]

Beliau sekali lagi menjadi tumpuan ramai atas peristiwa Klip video Lingam, kerana beliau merupakan peguam bela Thirunama Karasu, adik kepada VK Lingam.[4]

Dalam PRU 1995, beliau selaku calon DAP di kawasan Bukit Bintang memenangi kawasan ini, namun selepas itu kelayakan beliau dibatalkan, dan calon lawannya, Lee Chong Meng, diisytiharkan sebagai Ahli Parlimen Bukit Bintang.[5]

Dalam PRU 2004, beliau satu-satu calon dari MDP, beliau bukan saja kalah di kawasan Bukit Bintang, malah kehilangan depositnya.[6][7][8]

Bertanding atas tiket PKR

Beliau bertanding dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2008 dengan tiket Parti Keadilan Rakyat di Wangsa Maju dan mengalahkan calon dari BN-MCA, Yew Teong Look dengan majoriti sebanyak 150 undi.[1][9] Beliau memperolehi 19,637 undi berbanding lawannya memperolehi 19,487 undi. Beliau terus menjadi seorang Ahli Parlimen bagi pihak PKR.[3][10]

Menjadi Ahli Parlimen Bebas

Pada 14 Mei 2010, Wee mengumumkan keluar dari PKR walaupun ura-ura dan tindak-tanduknya bertentang dengan PKR telah lama. Pada masa yang sama, beliau meletak jawatan sebagai Timbalan Pengerusi Badan Perhubungan PKR Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur. Beliau tidak puas hati skandal 'rasuah' penjualan pasir oleh KSSB di Selangor.[11] Beliau selepas itu merupakan salah seorang dari lima bekas ahli-ahli parlimen PKR untuk membentuk blok wakil rakyat bebas yang dinamakan Konsensus Bebas di parlimen.[12]