Wendy's diasaskan oleh Dave Thomas pada tahun 1969 dan dinamai sempena Melinda, anak perempuannya yang berumur lapan tahun sewaktu itu, dan yang mempunyai nama samaran "Wendy." Ibu pejabat korporat Wendy's terletak di Dublin, Ohio. Restoran Wendy's yang sulung dibuka di Columbus, Ohio pada 15 November 1969, dan rangkaian itu bertumbuh dengan begitu cepat sehingga mencapai melebihi 3,000 buah saluran keluar pada tahun 1985. Bagaimanapun, menjelang pertengahan 1980-an, sebilangan daripada restoran Wendy's tidak berjaya dan terpaksa ditutup. Pada tahun 1989, Dave Thomas kembali daripada persaraannya untuk membuat iklan Wendy's serta membantu membina semula rangkaian itu sehingga kematian beliau pada tahun 2002.

Selepas pengembangan antarabangsa pada dekad 1980-an, rangkaian Wendy's melaksanakan pengurangan tenaga kerja pada akhir dekad 1990-an. Pada 1999, Wendy's menarik diri dari London dan Hong Kong (cawangan Wendy's di Hong Kong terletak di Lockhart Road, Wan Chai).

Pada tahun 1995, kepopularan Tim Hortons, sebuah rangkaian kopi dan donat yang terbesar di Kanada, telah mempengaruhi pelabur-pelabur Amerika Syarikat; syarikat induk rangkaian Wendy's, iaitu Kumpulan TDL ("TDL" ialah parap untuk "Tim Donut Ltd.", nama korporat Wendy's yang asal), diperoleh oleh Wendy's International, Inc.. Oleh sebab itu, Ron Joyce, pekongsi Tim Horton serta pembeli francais Wendy's yang sulung, menjadi pemegang saham Wendy's yang terbesar.