Wilayah Kyoto terletak lebih kurang di tengah-tengah pulau Honshū dan juga seluruh Jepun. Ia meliputi keluasan 4612.71 km², iaitu 1.2% keluasan seluruh Jepun. Wilayah Kyoto bersempadan dengan Laut Jepun dan wilayah Fukui di utara; wilayah Osaka dan Nara di selatan; wilayah Mie dan Shiga di timur; dan wilayah Hyōgo di barat. Wilayah ini terpisah di tengah-tengah oleh Pergunungan Tanba, maka iklimnya berbeza sekali di utara dan selatan.

Bandaraya

15 bandaraya terletak di wilayah Kyoto.

Bandar dan kampung

Berikut ialah bandar dan kampung di setiap daerah: