Mayjen TNI Marinir (Purn) Winanto wafat pada hari Ahad, 2 September 2012 pukul 22.15 WIB dalam usia 77 tahun di kediamannya JL. Pengakap no. 7, Kompleks TNI AL, Jakarta Pusat. Jenazah Almarhum Mayjen TNI Marinir (Purn) Winanto telah dikebumikan di pemakamam San Diego Hill, Karawang Jawa Barat, pada hari Isnin 03 September 2012 pukul 13.00 secara Tentera dengan Inspektur Upacara komander Sekolah Staf dan Komando Angkatan Laut Seskoal Laksamana Muda TNI Arief Rudianto, SE. Almarhum Mayjen TNI Marinir (Purn) Winanto meninggalkan seorang isteri Prof. Dr. Sri Subekti Winanto, Drg., Sp. KG. (K) Guru Besar Fakulti Perubatan Gigi Universiti Trisakti, Jakarta.