Projek Missileer dibatalkan pada Disember 1960, tetapi pada awal 1960-an Navy membuat cubaan pemintas berikutnya dengan F-111B, dan mereka memerlukan reka bentuk peluru berpandu yang baru.

Pada masa yang sama, USAF membatalkan projek untuk pesawat pemintas berkelajuan tinggi darat mereka, North American XF-108 Rapier dan Lockheed YF-12, dan meninggalkan peluru berpandu AIM-47 Falcon yang berkeupayaan pada peringkat pembangunan agak maju, tetapi tanpa platform pelancaran yang berkesan.

AIM-54 Phoenix, yang dibangunkan untuk pejuang pertahanan udara armada F-111B , mempunyai kerangka pesawat udara dengan 4 sirip salib yang merupakan versi yang dipertingkatkan sebagai AIM-47. Salah satu ciri daripada keturunan Missileer adalah bahawa radar menghantar pembetulan pertengahan laluan, yang membenarkan sistem kawalan tembakan untuk "mengapung" peluru berpandu sehingga lebih tinggi daripada sasaran ke udara nipis di mana ia mempunyai julat yang lebih baik.

F-111B dibatalkan pada tahun 1968. Sistem persenjatanya AIM-54 bergabung dengan radar AWG-9, berhijrah ke projek pejuang baru US Navy, VFX, yang kemudiannya akan menjadi F-14 Tomcat.

Pada tahun 1977, pembangunan versi Phoenix ketara bertambah baik, AIM-54C, telah dibangunkan agar lebih mampu menangani ancaman pesawat anti-navy taktikal dan peluru berpandu kruz, dan peningkatan terakhir termasuk keupayaan ingatan diprogramkan semula supaya selaras dengan ECM yang baru muncul.[3]