Aardonyx dipercayai sebagai takson saudara bagi klad sauropodomorph yang mengandungi Melanorosaurus dan sauropod, yang semuanya wajib berkaki empat, berdasarkan analisis filogenetik yang dijalankan bersama dengan gambaran genus pertama. Banyak ciri rangka menyokong hubungan ini. Ini termasuk ciri-ciri yang diperolehi pada vertebra (seperti hiposfen yang mendalam seperti saluran saraf dan spina saraf pusat yang paling kurang dua kali ganda panjang berbanding tinggi) serta kerangka apendikular (seperti kedudukan trokanter keempat pada garis tengah tulang paha dan panjang femur dewasa melebihi 600 mm).[1]