Jonhston menyertai BBC pada tahun 1991 dan menjadi wartawan BBC selama 8 tahun termasuk di Kabul, Afghanistan yang ketika itu ditadbir oleh Taliban.

Kemudian menjadi wartawan sepenuh masa bagi BBC dan bertugas di Gaza, Palestin mulai 1 April 2007. Malangnya beliau diculik . Sebelum itu beliau mebuat liputan di Gaza untuk BBC termasuk membuat liputan tentang Pelan Perlucutan Senjata Israel pada 2005. Parti Hamas menang dalam pilihan raya legislatif Palestin 2006 dan Konflik Israel-Gaza 2006 dan kegiatan keganasan di Palestin dari 2006-2007.

Rakan setugas beliau ialah Paul Adam. Katanya Johnston seorang yang bertungkus-lumus memberi liputan setiap hari tentang apa yang berlaku di Gaza dan Palestin. Mustafa Barghouti selaku Menteri Penerangan Palestin menganggap Johnston sebagai 'rakan kepada semua orang'. Marwan Barghouti iaitu pemimpin Fatah yang telah dipenjarakan juga menganggap Johnston sebagai 'kawan penduduk Palestin'.

Apabila tidak bertugas sebagai wartawan , Johnston telah mengeluarkan laporan radio tentang Taliban dan pernah mendapat hadiah gangsa daripada Sony Radio Academy Award. Johnston juga pernah bekerja di The World Today .

Kelab Akhbar London telah menganugerah 'Tokoh Kewartawanan British 2007 pada 10 Mei, 2007. Beliau diculik selama 60 hari.

Sehari selepas beliau dibebaskan, Amnesty International telah menghargai jasa-jasa laporan radio tentang hak asasi manusia di Gaza.