Pada 12 Mac, 2007 kereta Johnston dijumpai terbiar di satu lorong tidak lama selepas beliau mendapat rawatan gigi. Sekeping kad perniagaan kepunyaan Johnston telah dijumpai di tempat kejadian. BBC melaporkan Johsnton hilang setelah beberapa panggilan telefon tidak berjawab.

Kes penculikan ini mendapat banyak bantahan dari pelbagai kumpulan di Palestin. Kerajaan British telah berunding dengan Hamas . Pada 15 April 2007, Johnston dilaporakan telah dibunuh. Rakaman video telah ditayangkan di BBC pada 24 Jun dan ini menunjukkan beliau masih hidup. Pihak Hamas telah menguasai sepenuhnya kawasan Gaza . Sebelum itu Gaza dikuasai oleh Fatah, Pihak Hamas telah melakukan serbuan dari rumah ke rumah bagi mengesan kedudukan Alan Johnston.

Pada 4 Julai 2007 , Johnston telah dibebaskan setelah Hamas berusaha keras . Tidak ada wang tebusan dibayar. Alan Johnstons telah dibawa menemui Perdana Menteri Palestin, Ismail Haniyeh.Kemudian diterbangkan ke Britain.