Djoko Susanto dan keluarganya menubuhkan sebuah syarikat perdagangan dan pengeluaran yang menjual pelbagai produk di Jakarta pada tahun 1989. Syarikat pengeluaran tersebut mempunyai bahagian kongsi korporatnya sebanyak 70% dengan PT HM. Sampoerna Tbk dan 30% yang tinggal adalah kepada PT Sigmantara Alfaindo Susanto.[3]

Pada thaun 1999, Susanto mengembara kepada satu perniagaan kedai serbaneka dan menjenamakannya sebagai Alfa Minimart. Mereka membuka cawangan pertama mereka di Jalan Banyan Kingdom, Karawaci, Tangerang, Banten. Dalam tempoh enam tahun, ia mengembang kepada 1293 buah cawangan di serantau Java. Nama tersebut kemudian dijenamakan semula kepada Alfamart.

Pada tahun 2006, PT HM. Sampoerna Tbk menjual bahagian kongsi mereka kepada PT Sigmantara Alfaindo Susanto. Susanto menerima 60% daripada bahagian kongsi tersebut manakala 40% daripada bahagian kongsi tersebut diberi kepada pemegang saham mereka yang baru, PT Mulia Prima Horizons.

Pada tahun 2009, Alfamart memasuki Bursa Saham Indonesia dengan kira-kira 3000 cawangan di seluruh negara. Perniagaan mereka kemudian dinamakan sebagai PT Sumber Alfaria Trijaya Tbk. Alfamart tidak lama kemudian membawa kedai-kedai Lawson ke Indonesia sambil mengembang daripada menjadi sebuah rantaian kedai serbaneka, kepada sebuah rantaian pasar raya sebagai Alfamidi Mini Supermarkets.[3][4][5][6]

Pada tahun 2014, Alfamart mempunyai 7000 cawangan di Indonesia dengan purata 2.5 juta pelanggan setiap hari.[7] Dengan kejayaan yang tumbuh di Indonesia, Alfamart mengembara ke luar negara dan bermula di negara berhampiran Indonesia, iaitu Filipina. Kemasukan mereka ke Filipina ialah sebuah perkongsian bersama SM Investments Corporation dengan cawangan pertamanya di Trece Martires, Cavite.[8][9][10] Pada tahun 2020, Alfamart di Filipina merancang untuk memulakan perkembangan di serantau kawasan Visayas dan Mindanao, terutamanya di kawasan-kawasan Cebu, Davao, Cagayan De Oro dan Zamboanga.[11][12]