Aparri dahulunya merupakan jawatan perdagangan Jepun kerana lokasinya di hujung utara Luzon di muara Sungai Cagayan. Ia merupakan kawasan utama perdagangan Jepun di pulau Luzon. Kebanyakan kawasan itu pernah menjadi rumah kepada penduduk Ibanag asli, yang pada ketika itu bersekutu dengan Jepun sebagai bentuk awal sebuah negara perlindungan negeri tidak rasmi. Ia secara rasmi ditubuhkan di bawah pemerintahan Sepanyol pada tahun 1605 selepas Mahkota Sepanyol merampas Filipina dan menjadikannya sebahagian daripada Hindia Timur Sepanyol. Oleh kerana ia berada di laluan Galleon Sepanyol semasa monopoli tembakau yang hebat pada abad ke-16 hingga abad ke-17, Aparri menjadi salah satu pelabuhan utama Perdagangan Galleon Sepanyol pada 11 Mei 1680. Penduduk asal bandar ini adalah Ybanag. Kemudian, ketika orang Sepanyol ditempatkan dan kerana lokasinya yang strategik, orag Ilokano dan Cina menetap di kawasan itu.

Pada tahun-tahun sebelum pencerobohan Perang Dunia II, ia menjadi titik transperkapalan bagi barang-barang yang diseludup dari China, Taiwan, dan negara-negara jiran Asia Tenggara yang lain. Pasukan gerila Donald Blackburn dan tentera tempatan Tentera Komanwel Filipina dan Angkatan Tentera Filipina menyokong Angkatan Tentera AS B, dalam penangkapan Aparri pada 20 Jun 1945.

Pada tahun 2006, aktiviti ersebut telah mula membina semula pelabuhan itu, selepas dermaga lama merosot disebabkan oleh kenaikan paras air, ribut biasa dan pembinaan yang buruk (reruntuhan itu kini dilihat dibasuh di pantai).[1]