Konsol Jaguar memiliki beberapa cip mikropemproses yang setiap satunya menjalankan beberapa fungsi dalaman.

Cip mikropemproses "Tom" merupakan cip mikropemproses grafik berkelajuan 26.59 MHz merupakan cip RISC 32-bit. Walau bagaimanapun, kebanyakkan kesan grafik dalam permainan video dijana berdasarkan kepada perisian yang terdapat dalam permainan video tersebut. Teras cip ini juga mempunyai beberapa set aturcara tambahan yang akan digunakan untuk operasi 3D.

Cip mikropemproses "Jerry" merupakan cip yang memproses signal digital atau audio berkelajuan 26.59 MHz. Teras cip ini mempunyai set aturcara tambahan yang digunakan untuk operasi audio. Cip ini mampu menjana kualiti audio berteraskan CD dari jenis stereo, namun begitu kuantiti saluran suara terhad mengikut perisian di dalam permainan video. Cip ini juga digunakan untuk mengawal gerakan dari alat pengawal kayu ria.

Cip mikropemproses Motorola 68000 digunakan untuk mengurus cip "Tom" dan "Jerry" dan mempunyai kelajuan 13.295 MHz.