Di Ayer Keroh, terdapat dua buah sekolah rendah iaitu Sekolah Kebangsaan Ayer Keroh dan Sekolah Kebangsaan Tun Syed Ahmad Shahabudin serta sebuah sekolah menengah iaitu Sekolah Menengah Kebangsaan Ayer Keroh. Terdapat juga sebuah Sekolah Berasrama Penuh (SBP) di Ayer Keroh iaitu Sekolah Menengah Sains Muzaffar Syah. Semua sekolah ini dibina bagi menampung jumlah murid-murid yang terlalu ramai di kawasan Ayer Keroh. Di Ayer Keroh juga ditempatkan Fakulti Kejuruteraan Mekanikal yang bertempat di Kampus Industri milik Universiti Teknikal Malaysia Melaka, iaitu salah sebuah universiti awam atau IPTA. Sebuah kolej persendirian iaitu Kolej Yayasan Saad terletak berhampiran dengan kawasan tol Ayer Keroh.