Sejarah dari pengangkutan penumpang udara di Republik Azerbaijan bermula tahun 1923 ketika penerbangan penumpang biasa bermula beroperasi antara Baku dan Tbilisi di dalam pesawat buatan Jerman "Junkers". Sebelum kemerdekaan republik Azerbaijan tahun 1991 Azerbaijan Airlines (AZAL) merupakan sebahagian daripada Aeroflot. Menjadi salah satu cabang dari Aeroflot, Syarikat penerbangan nasional "Azerbaijan Hava yolları" hanya melayani penerbangan domestik di dalam Kesatuan Soviet kerana Aeroflot mempunyai monopoli terhadap penerbangan antarabangsa. Sekarang saat Azerbaijan menjadi negara merdeka Azerbaijan Airlines sebagai syarikat penerbangan kebangsaan dengan bangga menyediakan perkhidmatan berkualiti dan keramahan kepada pengguna di pasaran penerbangan antarabangsa mengikut standart dan cadangan dari ICAO dan IATA. Dengan keuntungan letak geografi dan kemampuan tinggi pengendalian yang dilakukan Lapangan Terbang Antarabangsa Heydar Aliyev dengan cepat menjadi hub yang sibuk di region untuk transit dan menyambung penerbangan antara Timur dan Barat, Utara dan Selatan.

Pada 9 Oktober 2000 sebuah event bersejarah berlaku dalam sejarah Azerbaijan Airlines - Pesawat baru Boeing 757-200 baru pertama milik syarikat penerbangan tersebut mendarat di Lapangan Terbang Heydar Aliyev. Sejak saat itu pesawat armada dari Azerbaijan Airlines secara berperingkat digantikan oleh Boeing, Airbus dan sejak tahun 2005 menandatangani kontrak dengan Boeing untuk mendatangkan pesawat Boeing baru. - Pesawat Airbus A319 pertama, dinamakan dengan nama bandar kedua terbesar di Azerbaijan "Ganja" menyertai dalam armada pesawat pada 2 September 2005. Pada 24 Ogos 2007 sebuah pesawat baru - ATR 42-500, datang di Lapangan Terbang Heydar Aliyev. Pesawat ini sekarang beroperadi dalam penerbangan domestik dan juga tujuan antarabangsa.

Syarikat ini juga mengadakan pelaburan signifikan dalam penyediaan pesawat baru, yang meningkatkan keselesaan dan keselamatan penumpang.