Dalam 1868, bandar zaman pertengahan Edo, ibu negeri kerajaan Tokugawa, dinamakan Tokyo, dan pejabat-pejabat Wilayah Tokyo (-fu) telah dibuka. Takat Wilayah Tokyo pada mulanya terhad dengan bekas bandar Edo, tetapi meningkat dengan cepat menjadi setanding dengan Metropolis Tokyo sekarang. Pada tahun 1878, Penyusunan semula kerajaan tempatan oleh kerajaan Meiji [1] wilayah dibahagikan ke kaunti atau daerah (pistol, dibahagikan lagi ke pekan dan kampung, kemudian disusun semula sama seperti daerah Prusia) dan daerah atau wad (ku) yang berada di bandar wilayah biasa secara keseluruhannya, e.g. (sebagai contohnya) bandar Hiroshima hari ini (-shi) kemudian Hiroshima-ku; tiga bandar-bandar utama di Tokyo, Osaka, Kyoto dan masing-masing dibahagikan ke dalam seperti beberapa wad. Di Wilayah Tokyo, ini menciptakan 15 wad (di bawah) dan enam daerah/daerah.[2]

Pada tahun 1888, pusat kerajaan menciptakan undang-undang rangka untuk sistem semasa bandar-bandar (shi)[3] yang diberikan beberapa asas tempatan hak otonomi – dengan beberapa persamaan dengan kerajaan sendiri tempatan sistem Prusia sebagai penasihat kerajaan Meiji  Albert Mosse banyak dipengaruhi organisasi kerajaan tempatan.[4] Tetapi di bawah peraturan istimewa imperial,[5] Bandar Tokyo, seperti Bandar Kyoto dan Bandar Osaka, pada mulanya tidak mengekalkan datuk bandar berasingan; tetapi, gabenor Wilayah Tokyo yang (dilantik) menjabat sebagai Datuk Bandar Tokyo. Majlis perbandaran/perhimpunan Tokyo (Tōkyō-shikai) pertama kalinya telah dipilih pada bulan Mei tahun 1889. Setiap wad juga mengekalkan perhimpunan sendiri. Bandar dan kerajaan wilayah telah dipisahkan pada tahun 1898., dan kerajaan mula melantik datuk bandar berasingan untuk Bandar Tokyo pada tahun 1898, tapi perundangan tahap wad dikekalkan, yang masih wujud sehingga hari ini di sistem wad khas. Dari tahun 1926, datuk bandar telah dipilih oleh majlis perbandaran/perhimpunan dari pangkatnya sendiri. Dewan Bandaraya Tokyo terletak di daerah Yūrakuchō, di tapak yang diduduki sekarang oleh Tokyo International Forum.[6]

Tokyo menjadi bandar kedua terbesar di dunia (penduduk seramai 4.9 juta) atas menyerap beberapa daerah terpencil pada bulan Julai 1932, menjadikan bandar memiliki 35 wad.

Pada tahun 1943, bandar telah dihapuskan dan bergabung dengan Wilayah Tokyo untuk membentuk Kerajaan Metropolitan Tokyo, yang berfungsi sebahagian pusat kerajaan Jepun: gabenor Tokyo menjadi menteri Kabinet laporan secara langsung kepada Perdana Menteri. Sistem ini kekal di tempat sehingga tahun 1947 ketika struktur semasa Kerajaan Metropolitan Tokyo telah ditubuhkan.