Sebagai akibat Perang saudara Syria yang berterusan, terdapat dua buah kerajaan mendakwa diri sebagai kerajaan sebenar Syria dengan menggunakan bendera masing-masing untuk mewakili Syria. Bendera kerajaan Syria merupakan bekas tiga warna horisontal merah-putih-hitam (warna tradisional bendera Arab) dengan dua buah bintang hijau. Tahun 1958-1961 bendera ini digunakan untuk gabungan negara Syria dengan Mesir (menjadi Republik Arab Syarikat). Tahun 1963-1871 digunakan lagi, namun dengan tiga bintang hijau. Sejak 1980 bendera dengan dua bintang kembali digunakan sehingga sekarang. Manakala Kerajaan sementara Syria Pembangkang yang diketuai Gabungan Kebangsaan Syria dan bertujuan untuk menggulingkan pemerintahan kerajaan Syria menggunakan semula bendera kemerdekaan Syria pada tahun 2012 yang merupakan bekas tiga warna horisontal hijau-putih-hitam (warna tradisional bendera Arab) dengan tiga buah bintang merah.