Semasa kerajaan Kesatuan Soviet dibubarkan pada tahun 1989, kerajaan Moldova dan Ukraine telah menuntut hak kemerdekaan pada tahun 1991 untuk menjadi negara yang moden dan merdeka. Walau bagaimanapun terdapat tentangan dari wilayah Transnistria selepas perang saudara yang singkat pada tahun 1990 yang juga menuntut hak untuk berkerajaan sendiri dengan nama Pridnestrovskaia Moldavskaia Respublika dan berpisah dari Republik Moldova. Wilayah Gaguz di bahagian selatan Bessarabia dijadikan wilayah autonomi di Moldova.