Galdikas pernah dikritik pada akhir 1990-an mengenai kaedah pemuliharaannya. Ahli-ahli primatologi membahaskan isu berkenaan di dalam senarai mel Internet Primate-Talk;[9] isu ini dilanjutkan lagi oleh penerbitan artikel dalam majalah Outside (Mei 1998) dan Newsweek (Jun 1998).[10] Seperti yang diwartakan dalam kedua-dua artikel dan diringkaskan lagi dalam buku The Follow oleh novelis Kanada Linda Spalding pada tahun 1999, Kementerian Kehutanan Indonesia yang pernah bertelingkah dengan Galdikas atas dasar pembalakan, mendakwa bahawa Galdikas memeliara "sebilangan besar orang utan secara melanggar undang-undang ... dalam keadaan yang amat teruk" di kediamannya di Indonesia, sekali gus mendesak kerajaan untuk mendakwa beliau. Galdikas menafikan semua dakwaan tersebut dalam jawapannya kepada majalah Newsweek pada bulan Jun 1999 dengan menyatakan bahawa tuduhan penganiayaan itu adalah "tidak benar sama sekali", malah dakwaan-dakwaan yang "aneh" merupakan dasar bagi "kempen yang amat berat sebelah untuk menentang diri saya."[11]