Kota Bogor terletak di antara 106°43’30”BT - 106°51’00”BT dan 30’30”LS – 6°41’00”LS serta mempunyai ketinggian rata-rata minimum 190 meter, maksimum 350 meter dengan jarak dari ibu kota kurang lebih 60 km.

Kota Bogor mempunyai keluasan wilayah 118,5 km² dan mengalir beberapa sungai yang permukaan airnya jauh di bawah permukaan dataran, yaitu: Ci (Sungai) Liwung, Ci Sadane, Ci Pakancilan, Ci Depit, Ci Parigi, dan Ci Balok. Topografi yang demikian menjadikan Kota Bogor relatif aman dari bahaya banjir alami.

Kota Bogor bersempadan dengan kecamatan-kecamatan dari Kabupaten Bogor sebagai berikut:

• Utara: Kecamatan Sukaraja, Bojonggede, dan Kemang
• Timur: Kecamatan Sukaraja dan Ciawi
• Selatan: Kecamatan Cijeruk dan Caringin
• Barat: Kecamatan Kemang dan Dramaga