Bogor ditelitikan dari sejarahnya adalah tempat berdirinya kerajaan pertama yang dikenal di Indonesia - Kerajaan Hindu Tarumanegara di abad ke-5. Beberapa kerajaan lainnya lalu memilih untuk bermukim ditempat yang sama kerana daerah pegunungannya yang secara meninggi membuat lokasi ini mudah untuk bertahan terhadap ancaman serangan dan pada saat yang sama adalah daerah yang subur.

Diantara prasasti-prasasti yang ditemukan di Bogor tentang kerajaan-kerajaan yang silam, salah satu prasasti tahun 1533, menceritakan kekuasaan Raja Prabu Surawasesa dari Kerajaan Pajajaran, salah satu kerajaan yang paling berpengaruh di pulau Jawa. Prasasti ini dipercayai memiliki kekuatan gaib, keramat dan dilestarikan hingga sekarang.

Pada tahun 1744, Gabenor Jeneral Gustaaf Willem baron van Imhoff terpesona akan kedamaian sebuah kampung kecil di Bogor (Kampung Baru), sebuah wilayah bekas Kerajaan Pajajaran yang terletak di hulu Batavia. Van Imhoff mempunyai rencana membangun wilayah tersebut sebagai daerah pertanian dan tempat peristirahatan bagi Gabenor Jeneral.

Setahun kemudian, pada tahun 1745, Van Imhoff menggabungkan 9 dearah (Cisarua, Pondok Gede, Ciawi, Ciomas, Cijeruk, Sindang Barang, Balubur, Dramaga dan Kampung Baru) ke dalam satu pemerintahan yang disebut Regentschap Kampung Baru Buitenzorg. Di kawasan itu Van Imhoff kemudian membangun sebuah Istana Gabenor Jeneral. Dalam perkembangan berikutnya, nama Buitenzorg dipakai untuk menunjuk wilayah Puncak, Telaga Warna, Megamendung, Ciliwung, Muara Cihideung, Puncak Gunung Salak, dan Puncak Gunung Gede.

Sebagai stesen yang berlokasi di bukit yang penting pada masa penjajahan Belanda, kota Bogor pada abad ini berkembang sebagai daerah yang terdiri dari Kebun Raya Bogor dan Istana Bogor. Pusat pusat perekonomian pun mulai bermunculan di sekitarnya. Nama Bogor diambil dari salah satu spesies palem. Dari kota ini dapat terlihat Gunung Salak, Gunung Pangrango dan Gunung Gede.