Pada 13 Februari 2019, cuitan Twitter pribadi Achmad Zaky terkait Industri 4.0 yang menyinggung presiden baru menjadi viral. Sehingga lahirlah gerakan #uninstallbukalapak yang juga menjadi trending topic di Twitter.[38][39] Ia tak menyebut sumber data yang dia gunakan untuk perbandingan anggaran tersebut, namun warganet menuduhnya salah mengutip data dari tahun 2013 dan menggunakannya untuk tahun 2016.[40] Kini cuitannya telah dihapus dan ia telah meminta maaf atas pernyataannya tersebut.[40][41] Achmad Zaky pun sudah bertemu dengan Jokowi untuk menyelesaikan hal tersebut dengan kepala dingin.[42][43]
Pada Maret 2019, seorang peretasPakistan yang menggunakan nama Gnosticplayers mengklaim telah mencuri data pengguna milik Bukalapak dan situs informasi karier asal Indonesia, Youthmanual.[44] Peretas mengatakan telah mencuri 13 juta akun Bukalapak dari 26 juta akun daring di enam situs internet. Bukalapak mengonfirmasi ada upaya serangan dari peretas namun mengklaim tidak ada data pribadi konsumen yang berhasil dicuri.[45][46][47][48]
Pada September 2019, Bukalapak menjadi sorotan karena kabar pemutusan hubungan kerja (PHK) yang dilakukan perusahaan pada ratusan karyawannya.[49] Bukalapak mengkonfirmasi kabar ini meski tak memberikan informasi mengenai berapa banyak karyawannya yang terkena dampak restrukturisasi.[50]
