Cinta Elysa mengisahkan dilema yang dialami oleh Aril lakonan (Botak Juvana/Johan Asaari) yang terpaksa menjalankan tanggungjawab menjaga ibu saudara dan sepupu-sepupunya yang membenci dan memusuhinya. Watak ibu saudara yang sangat benci kepada Aril dipegang oleh Zila Bakarin dan sepupu perempuannya yang bernama Elysa (lakonan Fasha Sandha).Jasman membawa pulang Aril ke rumah kerana Aril merupakan anak yatim piatu yang membesar tanpa kasih sayang. Selepas disisihkan dari keluarga, dia tinggal bersama Jasman.

Jasman telah menempatkan Aril dan Elysa di satu kolej supaya Aril dapat menjaga keselamatan anaknya di kolej itu daripada diganggu lelaki lain.

Jasman (lakonan Jalaluddin Hassan) bapa saudara kepada Aril mahu Aril menjaga dan memastikan keselamatan anak-anak nya sebelum dia meninggal dunia, dia berpesan kepada Aril supaya menjaga anak-anaknya hingga mereka tamat pengajian. Aril merupakan seorang samseng. Dia dianggap sebagai pemuda yang bermasalah dan dibenci oleh Yasmin (Zila Bakarin) ibu saudara dan sepupunya.

Dalam keadaan dibenci dia terpaksa menjalankan tanggungjawab besar itu walaupun terpaksa berdepan dengan ibu saudaranya yang menjadi penghalang.

Walaupun Aril nampak jahat dan liar tetapi dalam diam dia menaruh hati terhadap sepupunya Elysa (Heheh dalam hati ada taman gitu. Seronok kan melihat Botak bercinta pulak kali ni). Oleh sebab cinta yang kuat kepada Elysa, Aril masih duduk di rumah itu walaupun dibenci oleh ibu saudaranya setiap hari.

Kisah menjadi panjang lagi, apabila ibu saudaranya menghalau Aril keluar dari rumah. Pada waktu itu, Aril nekad membawa Elysa bersamanya. Aril menjalani kehidupan samseng untuk menyara diri dan Elysa. Elysa tidak menyukai perbuatan Aril hidup mencari rezeki dengan cara yang tidak elok. Dia mahu Aril mencari kerja yang halal dan menjalani kehidupan yang baik. (Botak botak. Ni mesti tak insaf ni buat kerja samseng, kena masuk sekolah budak nakal lagi le ni heheh). Demi cintanya pada Elysa, Aril cuba berubah dan mencari rezeki yang halal dan dia menerima segala nasihat dan teguran Elysa.

Aril dan Elysa lari dan tinggal di sebuah kampung. Mereka menyamar sebagai suami isteri dan mencari orang yang boleh mengubati kaki Elysa yang cedera. Akhirnya, orang yang mengubati kaki Elysa sedar bahawa Aril dan Elysa bukan suami isteri dan mereka disuruh untuk berkahwin.

Aril berjanji akan menceraikan Elysa selepas kaki Elysa sembuh. Kekasih Yasmin, Rashid pula sibuk menjejaki Elysa untuk mengetahui kandungan wasiat Jasman. Apakah yang akan berlaku selepas ini?