DNA mitokondrion (
mtDNA atau
mDNA[1]) merupakan
DNA yang terletak dalam
organel yang dipanggil
mitokondrion, iaitu struktur di dalam sel
eukariot yang menukarkan tenaga kimia dari makanan kepada bentuk yang boleh digunakan oleh sel, iaitu
adenosine triphosphate (ATP). Kebanyakan DNA lain yang wujud dalam sel eukariot boleh dijumpai dalam
nukleus sel, dan juga
kloroplas tumbuhan.Untuk manusia, DNA mitokondrion boleh dianggap sebagai pengekodan
kromosom yang terkecil untuk 37 gen sahaja dan mengandungi sekitar 16,600 pasangan dasar sahaja. DNA mitokondrion manusia merupakan bahagian utama
genom manusia yang mula-mula dijujukkan. Bagi kebanyakan spesies termasuk manusia, mtDNA diturunkan oleh ibu sahaja.
[2]Jujukan DNA mtDNA telah ditentukan daripada sebilangan besar organisma dan individu (termasuk yang pupus), dan perbandingan sesama jujukan DNA itu menggambarkan tulang belakang
filogenetik yang mana ahli biologi boleh menjelaskan hubungan
evolusi sesama spesies. Ini juga membolehkan penyelidikan terhadap keberkaitan dalam populasi, dan oleh itu telah menjadi penting dalam bidang
antropologi dan biologi lapangan.