Pengangkutan yang ada di Yogyakarta terdiri dari pengangkutan darat (bas awam, teksi, kereta api, andhong (kereta berkuda), dan beca) serta pengangkutan udara (kapal terbang). Jalan-jalan raya di Yogyakarta kini sudah lebih rapi dan bersih, berbanding dengan tahun-tahun terdahulu kerana komitmen pemerintah daerah Yogyakarta untuk menjadikan Yogyakarta sebagai sebuah kota pelancongan (terbukti dengan ditempatkannya sebuah TV raksasa di salah satu jalan raya Yogyakarta serta juga papan stesen kereta api). Walaupun demikian, jalan-jalan raya di Yogyakarta masih sering mengalami kesesakan lalu lintas.