Pada akhir tahun 2006 dan awal tahun 2007 iaitu bermula dari 19 Disember 2006 sehingga 16 Januari 2007, Kota Tinggi telah dilanda banjir paling besar dalam sejarahnya. Banjir gelombang pertama pada 19 Disember telah menenggelamkan hampir keseluruhan bandar Kota Tinggi termasuklah bank, kedai-kedai dan kompleks membeli-belah. Namun banjir gelombang kedua bermula dari 11 Januari 2007 lebih dahsyat kerana menenggelamkan tempat yang tidak ditenggelamkan sebelumnya sehingga hampir menerjah masuk ke Hospital Daerah Kota Tinggi (HDKT). Kejadian ini terjadi berikutan angin monsun Timur Laut yang bertiup dari bulan Oktober hingga Mac yang menyebabkan hujan lebat telah melanda seluruh negeri Johor selama hampir seminggu sehingga Sungai Johor tidak mampu lagi menampungnya. Hampir 12,000 orang dipindahkan ke pusat-pusat pemindahan yang terpaksa dibuka dua kali kerana banjir telah melanda sebanyak dua kali. Malahan, terdapat pusat-pusat pemindahan juga ada yang turut dinaiki air menyebabkan mangsa-mangsa terpaksa berpindah ke Pusat Pemindahan lain. Banjir pada kali ini telah mencatatkan sejarahnya kerana air Sungai Johor telah naik sehingga 5.45 meter berbanding rekod tertinggi yang pernah dicatatkan sebelum ini iaitu 4.9 meter.[perlu rujukan]