Sesetengah DNase memotong atau "membelah" hanya sisa di hujung molekul DNA. Jenis eksonuklease ini dikenali sebagai eksodeoksiribonuklease. Jenis lain membelah di mana-mana tempat di sepanjang rantai, dikenali sebagai endodeoksiribonuklease (subset endonukleases).[8] Sesetengah DNase agak sembarangan tentang jujukan DNA di mana ia memotong, manakala yang termasuk enzim pemotongan, sangat berkhusus terhadap jujukan tertentu. DNase lain hanya membelah DNA dwidua, dan jenis lain khusus untuk molekul untai tunggal, dan ada juga yang aktif terhadap kedua-duanya.

Tindakan DNase berlaku dalam tiga fasa. Fasa awal memperkenalkan berbilang samaran dalam tulang belakang fosfodiester. Fasa kedua menghasilkan nukleotida larut asid. Fasa ketiga, iaitu fasa terminal, terdiri daripada penurunan oligonukleotida, menyebabkan anjakan hiperkrom dalam data UV.[9]

Mekanisme DNase I

DNase I kebanyakannya menyasarkan DNA dwiuntai, dan dalam tahap yang lebih rendah, beberapa DNA untai tunggal bagi pembelahan. DNase I memangkinkan belahan DNA yang tidak khusus dengan menjepit hubungan fosfodiester salah satu helai. Tapak belahannya terletak di antara atom oksigen 3' dan atom fosforus bersebelahan, menghasilkan oligonukleotida 3'-hidroksil dan 5'-fosforil dengan penyongsangan konfigurasi pada fosforus. Enzim DNase bergantung kepada kehadiran kation dwivalen, biasanya Ca2+, agar berfungsi yang betul. Tapak aktif DNase I termasuk dua sisa histidina (His134 dan His252) dan dua sisa berasid (Glu78 dan Asp212), semuanya penting dalam pemangkinan asid-bes am ikatan fosfodiester.[10]

Mekanisme DNase II

Deoxyribonuclease II (DNase II) juga dikenali sebagai deoxyribonuclease asid kerana ia mempunyai aktiviti optimum dalam persekitaran pH rendah dalam lisosom, di mana ia biasanya ditemui dalam eukariot darjat tinggi. Sesetengah bentuk DNase II rekombinan memaparkan tahap aktiviti yang tinggi dalam pH rendah tanpa ion logam dwivalen, serupa dengan DNase II eukariot.[7] Tidak seperti DNase I, DNase II memutuskan ikatan fosfodiester antara atom oksigen 5' dan atom fosforus bersebelahan, menghasilkan nukleotida terfosforil 3΄ dan terhidroksil 5΄.