Elpidio Quirino mengahwini Alicia Syquia dan mempunyai dua orang anak iaitu Victoria "Vicky" Quirino Delgado dan Elpidio "Jerry" Quirino, Jr. Vicky Quirino pernah memegang jawatan Perempuan Pertama semasa ayahnya menjadi Presiden.

Quirino meninggal dunia pada 29 Februari 1956 sewaktu berusia 56 tahun, akibat serangan jantung di Bandar Quezon.

Tiga orang anak cucu Elpidio Quirino yang kemudiannya mengikuti jejak langkah datuk mereka iaitu; Antonio Quirino, Poncy Quirino dan Cory Quirino.