Nama Engkilili berasal daripada nama pokok yang banyak tumbuh di pekan ini.[2] Oleh kerana kedudukan kampung ini terletak jauh dari bandar atau pekan, penduduk kampung pada zaman dahulu menggunakan sungai sebagai laluan untuk ke pasar bagi membeli barangan keperluan harian. Mereka berulang-alik ke sana dan setiap hari melihat pokok yang sama sehinggalah menamakan kawasan ini bersempena nama pokok tersebut. Pokok ini hanya tumbuh meliar di kawasan Lubok Antu dan tidak tumbuh di lain-lain kawasan di sekitar Sarawak. Pokok Engkilili boleh tumbuh di daratan atau di dalam sungai. Menyedari kepentingan sejarah kewujudan kampung dari pokok Engkilili, Majlis Daerah Lubok Antu dan Pejabat Daerah Kecil Engkilili turut menanamnya di pintu utama sebagai mercu tanda kampung tersebut.[3] Nama saintifik pokok engkilili ialah Lepisanthes alata. Pokok ini juga dikenali sebagai pokok ceri Terengganu atau perupok.[4] Pokok ini mempunyai buah bertangkai seperti buah anggur.[5] Ketinggiannya boleh mencecah antara 20 hingga 30 meter. Panjang daunnya kira-kira 30 sentimeter dan mempunyai lebar antara lima hingga tujuh sentimeter yang berwarna hijau kekuningan. Buahnya berbentuk bulat yang berlilitan tiga hingga lima sentimeter dan berwarna merah.

Terdapat satu lagi versi nama Engkilili yang bermula dari generasi awal pelombong Cina di pekan ini, iaitu 上梯頭, yang bermaksud "menuju atas tangga" dalam dialek Hakka. Mereka merantau ke pekan Engkilili untuk bekerja dan menetap melalui sungai dari Kalimantan. Tangga telah dibina untuk menaiki dermaga bagi memudahkan para pedagang dan pekerja memunggah barangan. Para pedagang Cina yang berdialek Teo Chew seringkali menyebut kalimat "menuju atas tangga" ketika memunggah barang, maka sebab itulah pekan ini dinamakan sedemikian. Kemudian, tempat ini berkembang dengan pembinaan dermaga baru oleh penduduk tempatan maka, lahirlah nama 下梯頭 (naik tangga,turun tangga). [6]