Borneo ialah pulau ketiga terbesar di dunia. Dalam zaman prasejarah ia disambungkan ke tanah besar Asia akibat perubahan geologi dan iklim. Semasa era zaman ais Pleistosen dan pemisahan Holosen dari tanah besar menyebabkan kepupusan dan spesifikasi fauna di pulau itu. Kerumitan tinggi hutan hujan tropika Borneo telah mewujudkan banyak relung yang menampung kepelbagaian fauna yang kaya. Sesetengah fauna khusus dan beberapa wujud bersama dengan pemisahan khusus untuk mengelakkan persaingan antara dan spesifik dalam habitat yang sama. Pemisahan ekologi boleh berupa kesatuan pemakanan yang berbeza, pemisahan khusus oleh stratifikasi dan strategi penggunaan yang berbeza dengan menjadi diurnal atau malam. Sebagai contoh, fauna vertebrata (burung dan mamalia) boleh ditakrifkan kepada enam komuniti berdasarkan stratifikasi menegak hutan hujan. Pertama, mamalia kecil dan burung menggunakan lantai bawah tanah dan bawah tanah. Kedua, herbivor besar dan haiwan karnivor merangkumi lantai bawah hutan mencari makanan, tempat tinggal dan baka. Ketiga, mamalia yang ganas dan karnivor berkisar atas dan ke bawah batang pokok dari lantai hutan ke tingkat kanopi. Keempat, terutamanya mamalia mendiang seperti kelawar dan burung menggunakan kanopi pertengahan. Kelima, adalah burung kanopi atas dan mamalia yang memakan daun, buah, nektar dan serangga. Keenam, adalah burung terbang dan kelawar yang terbang dengan menggunakan kawasan kanopi di atas.