Naruto dan ninja daun mengusir sekumpulan Zetsu Putih yang menyamar sebagai ahli Akatsuki yang jatuh, Naruto berasa sunyi ketika melihat keluarga kawan-kawannya yang kagum, dan kemudian mengetahui Sakura Haruno berbalah dengan ibu bapanya. Apabila Sakura kemudian menggunakan Naruto sebagai alasan untuk mengelakkan ibu bapanya selepas dia mendapat teguran dengan Iruka Umino, kedua-duanya bertemu dengan Tobi yang menundukkan mereka kepada versi Tsukuyomi Tak Terbatas: Limited Tsukuyomi (限定月読, Gentei Tsukuyomi). Naruto dan Sakura berakhir dalam realiti genjutsu yang diisi dengan bertentangan polar masing-masing yang mencerminkan keinginan mereka: iaitu versi Sasuke Uchiha yang menetap di kampung dan ibu bapa Naruto masih hidup sementara Sakura yang Naruto kenali telah mati selama bertahun-tahun. Naruto dan Sakura juga mwngetahui ninja bertopeng yang menyerang jinchuriki yang selepas Skrol Bulan Merah yang Jiraiya mengorbankan hidupnya untuk dihantar kepada Tsunade untuk disimpan sebagai langkah keselamatan.

Walaupun Naruto lebih terfokus untuk kembali kepada realiti mereka sebelum memutuskan untuk bersama keluarganya, Sakura menikmati menjadi anak yatim sehingga dia mula merasa kesepian bersama-sama dengan telatah Sasuke realiti itu. Kampung itu kemudiannya diserang oleh ninja yang bertopeng, didedahkan sebagai sekutu Tobi yang tidak bercorak ketika ia menculik Sakura untuk menebus tebusan untuk Skrol Bulan Merah. Menyadari genjutsu ibubapanya itu tidak seperti dirinya sendiri, Naruto mengambil Skrol Bulan Merah sambil berlari untuk menyelamatkan Sakura dan menyerang ninja bertopeng. Naruto dikalahkan oleh ninja bertopeng dan Sembilan Binatang Bertopengnya, ketika diselamatkan oleh versi Genjutsu Itachi dan Akatsuki. Sementara Akatsuki menghantar Binatang Bertopeng, Naruto bertarung ninja bertopeng yang dinyatakan sebagai rakan sejawatnya di dunia Genjutsu: Menma (メンマ). Menma menyerap binatang-binatang bertopeng yang dikalahkan untuk menunjukkan Sembilan Ekor Hitam, dengan Sembilan Ekor berdamai sementara dengan Naruto, untuk mengalahkan rakan sejawatan Menma. Tetapi ini semua dimainkan untuk rancangan Tobi kerana dia memiliki Menma sehingga dia secara peribadi boleh mengeluarkan Sembilan Ekor yang lemah sementara menghilangkan ingatan Naruto sepenuhnya. Sakura menyelamatkan Naruto sebelum Sembilan Ekor diekstraksi dan Naruto secara tidak sengaja memorinya membolehkannya apabila dia mengetahui mengunakan rasengan yang diajar oleh Jiraya dan tepat pada waktunya untuk menyelamatkan Sakura. kemudian dia mengunakan serangan ayahnya yang pernah mengalahkan Tobi apabila munculnya sembilan ekor dan memaksa Tobi keluar dari Menma dan membatalkan Tsukuyomi Terbatasnya. Sekali lagi dalam realiti mereka, selepas memberitahu Tsunade tentang pengalaman mereka, Sakura kembali bersatu dengan ibu bapanya manakala Naruto membuat perubahan dengan Iruka sambil menyedari bahawa dia sudah mempunyai keluarga di kawan-kawannya.