Grand Prix Malaysia 1999 ialah sebuah perlumbaan Formula Satu yang diadakan pada 17 Oktober, 1999, di Litar Antarabangsa Sepang berdekatan Sepang, Malaysia. Ini merupakan perlumbaan ke-15 dalam kalendar Formula Satu musim 1999.Ini merupakan Grand Prix Malaysia yang pertama sejak Grand Prix Malaysia 1995, iaitu sebuah acara Formula Holden. Ini merupakan kali pertama Grand Prix Malaysia mengadakan sebuah acara Formula 1.Michael Schumacher kembali ke Formula Satu selepas pulih daripada kecederaanya, dan mengantikan Mika Salo di Ferrari. Selepas perlumbaan ini, kedua-dua pemandu Ferrari disingkirkan selepas melanggar peraturan aerodinamik kereta. Oleh itu, Mika Häkkinen diberikan kejuaraan dunia keduanya, dan Johnny Herbert hampir mendapat dua podium berturut-turut. Bagaimanapun, Ferrari melawan keputusan FIA di mahkamah dan kedua-dua pemandu tersebut dimasukan semula dalam klasifikasi.[1]