Beberapa filem beliau telah mencetuskan kontroversi untuk bagaimana mereka berurusan dengan agama. Ayat-Ayat Cinta menerima kritikan kerana mempunyai salah satu daripada watak-watak utama, Maria, yang menukar agama dari Kristian kepada Islam.[1] Perempuan Berkalung Sorban dikritik oleh ulama Islam, manakala pencalonan Sang Pencerah untuk filem terbaik di Festival Filem Indonesia juga membawa kepada kontroversi, disingkirkan kerana tidak memenuhi kriteria tanpa mengulas lanjut.[7] ? menerima kritikan daripada beberapa kumpulan agama, termasuk Barisan Islam Pembela, Majlis Ulama Indonesia (Majelis Ulama Indonesia) dan Banser (sebahagian daripada Nahdlatul Ulama) kerana terdapat tema-tema yang pluralisme dan gambaran keganasan.[5] Bagaimanapun, Pengejar Angin menerima kritikan sebagai terlalu banyak promosi dan dikomersialkan.[5]

Hanung tends untuk memecat kontroversi. Sebagai tindak balas terhadap kritikan terhadap ?, beliau mula menulis tweet bahawa protes itu adalah promosi percuma;[8] kemudian memotong beberapa adegan di bawah tekanan yang meningkat.[9] Kemudian pada tahun itu, beliau bertindak balas terhadap kritikan Pengejar Angin dengan menyatakan bahawa pendanaan tambahan membolehkannya memberitahu "cerita tempatan" dengan filem berkualiti tinggi.[5]