Kepelbagaian haplotip mengukur keunikan sesebuah haplotip dalam sesebuah populasi. Kepelbagaian haplotip (H) dihitung seperti berikut:[10] H = N N − 1 ( 1 − ∑ i x i 2 ) {\displaystyle H={\frac {N}{N-1}}(1-\sum _{i}x_{i}^{2})} yang mana  x i {\displaystyle x_{i}} ialah kekerapan haplotip (relatif) bagi setiap haplotip dalam sampel, dan  N {\displaystyle N} ialah saiz sampel (bilangan organisme dalam populasi). Kepelbagaian haplotip dinyatakan untuk setiap satu sampel.