Seperti ayahnya yang kemahiran bertempur boleh disamakan dengan Tiga Lagenda, Kakashi dianggap sebagai ninja genius yang berjaya menamatkan pengajian di Akademi Ninja pada usia 5 tahun dan menjadi Chunin ketika berusia 6 tahun. Beberapa tahun selepas pencapaian ini, nama ayah Kakashi tercalar kerana Sakumo memilih untuk menyelamatkan rakan-rakannya daripada menamatkan misi yang telah diamanahkan. Oleh sebab berasa amat malu, Sakumo membunuh diri dengan Kakashi sebagai saksi. Sebagai akibatnya, Kakashi sangat mematuhi peraturan terutamanya peraturan shinobi 'kejayaan misi perlu diutamakan dan diletak sebelum kebajikan dan keselamatan rakan seperjuangan'. Kakashi menjadi seorang yang angkuh, muram dan rigid.

Pada usia 13 tahun, Kakashi menjadi Jounin. Sebagai ganjaran, Kakashi ditugaskan untuk mengetuai pasukannya dalam misi sabotaj untuk meletupkan sebatang jambatan bagi menghalang pasukan Iwagakure daripada menyeludup masuk ke Negara Rumput. Selepas misi ini dimulakan, pasukan Kakashi bersemuka dengan pihak lawan dan klonnya. Kakashi melihat kejadian ini sebagai peluang yang baik untuk mencuba jurus barunya, Chidori. Kakashi berjaya menewaskan beberapa klon tetapi gagal menentukan kedudukan ninja yang sebenar. Setelah bahunya dicederakan oleh ninja lawan, Hokage Keempat menyelamatkan Kakashi. Yang Keempat kemudiannya menegah Kakashi daripada menggunakan jurus tersebut kerana kelajuan Chidori menyebabkan penggunanya tidak dapat melihat dan bersedia untuk menangani tindakan lawan. Setelah Yang Keempat meninggalkan pasukannya untuk bertempur di barisan hadapan, rakan sepasukan Kakashi, Rin telah diculik oleh pihak lawan. Obito mahu menyelamatkan Rin tetapi Kakashi mengatakan bahawa tumpuan harus dicurahkan kepada misi; Kakashi tidak mahu melakukan kesilapan yang sama seperti arwah ayahnya. Obito akhirnya berjaya meyakinkan Kakashi bahawa ayahnya telah melakukan perkara yang benar. Kakashi berkeputusan untuk menyertai misi menyelamatkan Rin.

Dalam cubaan tersebut, mata kiri Kakashi tercedera. Untuk melindungi Kakashi, Obito berjaya membangunkan Sharingan dan membunuh ninja yang mencederakan Kakashi. Selepas membebaskan Rin daripada genggaman ninja Iwagukure, Obito sekali lagi menyelamatkan Kakashi dengan menolaknya daripada bahaya apabila bumbung gua mula runtuh. Malang sekali, Obito dihempap oleh batu besar dalam tindakannya menolak Kakashi. Obito mengarahkan Rin (seorang ninja perubatan) memindahkan mata Sharingannya ke dalam soket mata Kakashi yang rosak. Sharingan Kakashi kini membalas dendam atas kematian Obito dengan membunuh ninja lawan dengan Chidori (Kakashi boleh melihat gerak geri lawan sambil menjana Chidori dengan bantuan Sharingan).

Kematian Obito merubah prinsip hidup Kakashi, malah Kakashi kini mengamalkan beberapa ciri kehidupan Obito. Salah satunya ialah ketegasannya terhadap konsep kerjasama seperti mana yang ditunjukkan dalam ujian pengesanan untuk membolehkan ninja rookie menjadi pelajarnya. Dia menggunakan loceng untuk menguji pelajar-pelajarnya; ketiga-tiga mereka harus merampasdua biji loceng yang digantung di pinggangnya. Hanya mereka yang berjaya memperoleh loceng tersebut akan lulus. Maka semestinya salah seorang daripada tiga pelajar akan gagal dan dihantar balik ke Akademi. Tetapi, peraturan ujian ini hanyalah perkataan semata-mata dan tidak dimaksudkan; Kakashi mahu mereka faham bahawa kerjasama mesti diusahakan bersama dan kadang kala, peraturan juga harus dilanggar. Pasukan 7 merupakan satu-satunya pasukan yang berjaya dalam ujian ini. Kakashi juga mewarisi sikap Obito yang selalu lewat ke perjumpaan tetapi hal ini diakibatkan oleh rutinnya melawat pusara Obito setiap hari.