Hatoyama lahir di di Bunkyo, Tokyo.Beliau merupakan seorang jutawan dari keluarga berpengaruh. Keluarganya menerima jolokan "Keluarga Kennedy Jepun" . Datuknya Kazuo Hatoyama pernah menjadi ahli DPR dan terpilih ke Diet Jepun 1896-1897 selama era Meiji . Kazuo kemudian berkhidmat sebagai Presiden Universiti Waseda . Seorang lagi datuknya Ichiro Hatoyama pernah menjadi perdana menteri Jepun dan pengasas Parti Demokratik Liberal. Ayahnya Iichirō Hatoyama pernah menjadi Menteri Luar Negeri . Ibunya, Yasuko Hatoyama anak Shojiro Ishibashi , pengasas Bridgestone Corporation.

Adiknya Kunio Hatoyama pernah menjadi Menteri Dalam Negeri dan Komunikasi di bawah Perdana Menteri Taro Aso hingga 12 Jun 2009. Adik iparnya Emily Hatoyama adalah seorang tokoh TV di Jepun.

Sesetengah pihak menggelar Hatoyama 'The Alien' . Isterinya Miyuki Hatoyam mendakwa mengembara ke Venus menaiki UFO.Dia sangat percaya kepada kuasa spirit.[3] Miyuki mendakwa pernah bertemu pelakon Amerika Syarikat (ASS) Tom Cruise. Pelakon itu membintangi filem The Last Samurai pada 2003 yang lokasi penggambarannya di Jepun. [4]