Di Indonesia, tercetus kontroversi bahawa Timbalan Presiden, Adam Malik disyaki sebagai agen CIA kerana kerap ke Malaysia dan berjaya menamatkan 'Ganyang Malaysia' 1965 dengan mudah. Begitu juga kerakyatan Ibrahim Yaakob sehingga dilantik sebagai ahli parlimen Indonesia dan menukar nama kepada Iskandar Kamel. Ketika ditemu ramah di Malaysia pada 1973, beliau mengakui bahawa dia agen kepada British dan Jepun. Buku Mustapha Hussain (2005) menuduh Ibrahim Yaakob membawa wang dua guni dan ketulan emas ke Indonesia pada tahun 1945. Bagaimana dia mendapat wang yang banyak untuk membeli surat khabar Warta Malaya.

Sebagai seorang guru, Ibrahim Yaakob ada menulis buku bertajuk 'Nusa dan Bangsa Melayu' pada 1951. Beliau menafikan perjuangan KMM tidak berhaluan kiri mahupun radikal . Sebaliknya usaha menerapkan kesedaran cintakan agama, bangsa dan negara. KMM adalah anti British dan anti feudal.