Warna kuning pada bendera membawa maksud D.Y.M.M. Raja. Bahagian tiga segi yang berwarna merah bermakna rakyat, sementara bahagian tiga segi yang berwarna hitam maksudnya Datuk-datuk Undang bagi Luak-luak yang menjadi bahagian-bahagian negeri ini. Apa yang menariknya warna-warna pada bendera Negeri Sembilan juga mempunyai kesamaan dengan warna pada 'Marawa', iaitu bendera masyarakat Minangkabau di Sumatera Barat, Indonesia.