Islam tiba di Azerbaijan dengan kedatangan orang Arab pada abad ke-7, beransur-ansur menggantikan Zoroastrianisme dan kepercayaan panag Azerbaijani. Pada abad ke-7 dan abad ke-8, kebanyakan pengikut Zoroastrians berpindah ke India, di mana mereka dikenali sebagai Parsi. Sehingga Bolshevik Soviet menghentikan amalan ini, pengunjung Zoroastrian dari India dan Iran mengembara ke Azerbaijan bagi menyembah tapak suci, termasuk Kuil Ateshgah Temple di Surakhany pada Semenanjung Apsheron.

Pada abad ke-16, shah pertama bagi Dinasti Safavid, Ismail I (r. 1486-1524), menubuhkan Islam Syiah sebagai ugama rasmi, sungguhpun sebahagian besar penduduk Azerbaijanis kekal sebagai Sunni. Istana Safavid dipengaruhi oleh kedua pengaruh Turki (Sunni) dan Iran (Syiah), bagaimanapun, yang mengukuhkan asas dua ugama dan kebudayaan Azerbaijani pada tempoh tersebut. Sebagaimana lain-lain tempat dalam dunia Muslim, kedua cabang Islam bertikai di Azerbaijan. Penguatkuasaan Islam Shi'a sebagai ugama rasmi menimbulkan pergeseran antara pemerintah Safavid di Azerbaijan dan pemerintahan Sunnis di Empayar Uthmaniyyah bersebelahan.