Selain amalan diskriminasi yang menular dalam sektor pekerjaan, kadar pengangguran yang tinggi dalam kalangan pendatang Muslim juga disebabkan oleh tahap pendidikan yang rendah. Seramai 700,000 orang murid dan pelajar menuntut di institusi pengajian di negara ini.[18] Namun, perangkaan rasmi ini hanya merujuk kepada pelajar-pelajar asing.[19]

Kajian Rancangan Penilaian Murid-murid Antarabangsa (PISA) memberikan bukti bahawa golongan pendatang dan anak-anak mereka yang belajar di sekolah-sekolah Jerman tidak berjaya sebaik murid-murid berlatar belakang Jerman. Golongan ini berkemungkinan besar belajar di sekolah-sekolah paling bawah dalam sistem persekolahan Jerman, yang mempunyai tiga tahap, dan akan meninggalkan sekolah tanpa kelulusan. Tiga kali ganda kanak-kanak berketurunan asing (murid-murid di sekolah-sekolah Jerman yang tidak mempunyai kerakyatan) berbanding kanak-kanak Jerman memasuki Hauptschule (sekolah menengah paling bawah) selepas pengajian rendah. Kebanyakannya tidak akan melanjutkan pelajaran selepas itu.[perlu rujukan]

Kajian PISA juga mendapati bahawa murid-murid dari generasi kedua keluarga pendatang (anak-anak pendatang yang lahir di Jerman) memiliki keputusan yang lebih teruk berbanding murid-murid dari generasi pertama (anak-anak yang memulakan pengajian selepas datang ke Jerman). Satu sebab berlakunya keadaan ini ialah kanak-kanak golongan pendatang yang lebih bertumpu di sekolah-sekolah yang majoriti muridnya adalah dari golongan yang kurang berjaya, dari segi taraf ekonomi dan latar belakang sosial. Hal ini berlaku memandangkan keluarga mereka kebanyakannya berasal dari latar belakang luar bandar, yang tidak berjaya dan tidak memiliki pendidikan tinggi. Akhirnya, Hauptschule digelar Restschulen (sekolah untuk kategori lain-lain) atau kadangkala sebagai Türkenschulen (sekolah untuk orang Turki).[20]

Pengasingan murid-murid berdasarkan kebolehan pada peringkat seawal selepas pengajian rendah dikritik sebagai diskriminasi terhadap anak-anak golongan pendatang oleh banyak pihak, contohnya Pesuruhjaya PBB bagi Hak pendidikan, Vernor Munoz ketika lawatannya ke Jerman pada tahun 2005.[perlu rujukan] Selain itu, kanak-kanak berketurunan Turki atau Muslim berlatar belakang pelarian menghadapi kesukaran yang ketara dengan bahasa Jerman. Tambahan pula, kanak-kanak pelarian mempunyai taraf tempat tinggal yang tidak terjamin, menyebabkan peluang yang terhad untuk melanjutkan pengajian dan latihan.

Rakyat asing, termasuk ramai Musllim, mempunyai peluang yang sedikit dalam pendidikan kerjaya, Pada tahun 1998, sekurang-kurangnya satu pertiga daripada pemuda dan pemudi berketurunan asing (20-29 tahun) kekal tanpa kelulusan profesional berbanding 8% bagi orang Jerman dalam lingkungan umur yang sama.[perlu rujukan] Corak negatif ini juga boleh diperhatikan pada tahap pengajian tinggi. Bilangan penuntut Jerman pada umur 22 tahun adalah dua kali ganda berbanding penuntut berlatar belakang asing, manakala pada umur 26 tahun, bilangannya adalah tiga kali ganda lebih banyak.

Pendidikan Islam

Amalan di Jerman ialah untuk memberikan pendidikan agama kepada semua denominasi. Pelajaran akan disediakan oleh pertubuhan atau komuniti agama di bawah penyeliaan kerajaan. Mengikut undang-undang, mana-mana komuniti yang mempunyai bilangan murid yang mencukupi boleh menyertai rancangan ini. Di pelbagai negeri, pendidikan keagamaan telah ditawarkan kepada kanak-kanak dari keluarga Muslim secara sukarela.[21] Namun begitu, adalah sukar bagi masyarakat Muslim untuk menawarkan pelajaran agama kerana kegagalan kerajaan negeri mengiktiraf komuniti keagamaan memandangkan ketiadaan pertubuhan tunggal mewakili masyarakat Islam. Walau bagaimanapun, sesetengah kerajaan negeri telah mencapai persetujuan dengan beberapa kumpulan bagi menyelesaikan isu ini. Kumpulan Alewi Turki adalah antara yang berjaya, selain kumpulan lain dari Turki yang turut diterima. Di Berlin misalnya, Persekutuan Islam, yang dikritik hebat oleh media, telah turut diiktiraf.[22]

Walaupun pendidikan agama di sekolah-sekolah awam adalah hak yang dijamin oleh perlembagaan di Jerman, jaminan ini telah dipertikaikan di dalam diskusi awam dan wujud interpreasi lain yang mengatakan bahawa jaminan tersebut hanya boleh digunapakai bagi agama Kristian sahaja, atau "agama-agama yang secara tradisinya telah bertapak di Eropah Barat, sekaligus mengecualikan Islam"[23] Hasilnya, pelajaran Islam di sekolah telah mencetuskan kontroversi.

Menurut Institut Pusat bagi Arkib Islam di Jerman (ZIAD), separuh daripada 20% murid-murid dari keluarga Islam menghadiri pengajian al-Quran.[11] Pelajaran ini ditawarkan oleh tiga pertubuhan utama, iaitu Muslimische Akademie für Religiöse und Soziale Bildung, DITIB dan Institut für Islamishe Bildung. Selain itu, terdapat juga beberapa pertubuhan kecil yang lain. Atas kebimbangan bahawa murid-murid yang tidak menghadiri pengajian agama di bawah penyeliaan kerajaan boleh terdedah kepada fahaman pelampau, terdapat usaha-usaha untuk melaksanakan pengajian Islam di sekolah-sekolah awam.

Secara keseluruhannya, terdapat kekurangan tenaga pengajar Muslim dengan kemahiran bahasa yang sesuai, yang boleh mengajar pelajaran Islam di Jerman. Namun, terdapat satu kursus pengajian Islam ditawarkan di Universiti Munster. Pada tahun 2005, universiti ini memulakan rancangan latihan perguruan bagi membantu mengatasi kekurangan tenaga pengajar yang berkemahiran di samping membawa kepada layanan sama rata terhadap murid-murid Muslim di sekolah awam. Sven Kalisch telah dilantik sebagai profesor bagi pengajian Islam di Universiti Munster. Universiti ini adalah yang pertama di Jerman yang menawarkan latihan untuk guru-guru Islam. Pada tahun 2007, Universiti Osnabruck turut memulakan program untuk tenaga pengajar melalui kursus Sarjana dalam bidang Pendidikan Islam. Namun, hanya empat pelajar telah diterima pada permulaan pengajian. 20 permohonan dari Turki ditolak kerana kegagalan memenuhi syarat kelayakan.[24] Selain itu, wujud tekanan politik bagi melatih lebih banyak imam di universiti-universiti Jerman, yang diketuai oleh pemimpin Parti Hijau.