Pada zaman pertengahan, sekurang-kuranya tiga kali Pechenegs dan Cumans dalam tentera Hungary membantu raja-raja Hungary untuk mempertahankan wilayah-wilayah utara Kerajaan Hungary (sekarang Slovakia) terhadap penyerbuan Czech (1260 Ottokar Premysl, 1300-05 Venceslaus dan 1427-34 Hussite)[perlu rujukan]. Ia tidak pasti bagaimanapun samada Pecheneg dan Cuman itu Muslim.

Beberapa dekad setelah Hungarian defeat of Mohacs (1526) tentera Turki menduduki Štúrovo (Párkány) dan bahagian lain tengah selatan Slovakia dan menggalakan kumpulan-kumpulan Kristian Protestant sementara tentera Habsburg Austria menduduki dan mengatolikkan bahagian utara dan barat. Kemudian orang Turki seized sesetengah further territories di selatan tengah Slovakia dan pillaged di territories up to Nitra. Akhirnya, akan tetapi, apabila orang Turki kalah dalam Perang Vienna dan vassal Uthmaniyyah Imre Thököly telah dikalahkan di Slovakia, di antara 1687 dan 1699 pemerintahan Uthmaniyyah Turki di Hungary akhirnya telah berpecah.