Pada 21 Januari 2012, Izwan Pilus telah menghembuskan nafas yang terakhir pada 6.15 petang di sebuah hospital yang berada di Ampang, Selangor akibat menghidap jangkitan virus kencing tikus serta jangkitan kuman di dalam darah. Pemergian beliau itu telah disahkan oleh adiknya yang ketika itu penyanyi kelahiran Akademi Fantasia musim ke-7, Khairil Azam Pilus menerusi laman Twitter milik beliau.Izwan telah dimasukkan ke hospital tersebut pada 12:30 tengah malam Jumaat selepas mengadu sesak nafas malah mata dan kulitnya telah menjadi kuning serta keadaannya pada masa itu semakin kritikal menjelang petang.

Pada awal Disember tahun lalu, Izwan juga pernah dimasukkan ke Hospital Pusrawi akibat mengalami demam panas yang berpanjangan tetapi Izwan kembali pulih selepas menjalani rawatan. Izwan bagaimanapun dibenarkan keluar sebelum sakit semula sejak dua minggu lalu.

Jenazah Allahyarham Izwan Pilus telah dibawa pulang ke kampung halamannya di Jasin, sekitar jam 11 pagi dan kemudiannya selamat dikebumikan di Tanah Perkuburan Islam Kampung Palembang Gubah, Melaka.[3] Kematian beliau turut dirasai malah dihadiri oleh beberapa rakan artis seperti penyanyi Bob Yusof, Farawahida, Ani Maiyuni serta sahabat-sahabat handai untuk memberi penghormatan terakhir kepada beliau. Mereka juga telah merakamkan ucapan takziah kepada keluarga Allahyarham Izwan Pilus yang merupakan kehilangan besar buat industri seni hiburan tempatan. Meskipun kehilangan beliau telah menggemparkan industri hiburan, namun lagu-lagu beliau sentiasa diingati serta terpahat dalam ingatan malah menjadi pengubat rindu buat insan seni.