Jabatan Amal Malaysia mempunyai Bahagian yang mempunyai fungsi masing-masing.

Bahagian Operasi mempunyai Kor Medik dan Penyelamat yang berfungsi sebagai penyelamat dan perubatan. Kini di bawah Kor ini, Jabatan Amal Malaysia mempunyai Unit Marin yang berfungsi bagi operasi mencari dan menyelamat di kawasan air. Selain itu, Bahagian Operasi yang lebih khusus kepada perancangan dan perlaksanaan sesuatu operasi turut mempunyai Kor Jurutera, Kor Semboyan, Kor Trafik dan juga Kor Tugas Khas.

Bahagian Latihan pula berfungsi untuk perancangan latihan, perlaksanaan latihan, kejurulatihan dan penyelarasan pangkat. 

Bahagian Kebajikan pula berfungsi untuk merancang dan melaksanakan kerja-kerja dakwah, tarbiah dan kebajikan dengan bertujuan menyampaikan risalah dakwah menerusi kerja kebajikan yang mana di bawahnya terdapat Kor Tarbiah dan Dakwah serta Kor Kebajikan.

Bahagian Pelapis bertanggungjawab bagi membentuk generasi muda yang beriman, beramal Islami dan bertakwa, dengan menguruskan Kadet Amal dan Briged Amal.

Bahagian Staf pula berfungsi sebagai sekretariat urus tadbir oleh Ketua Pegawai Tadbir dan Ketua Pegawai Kewangan.