Pada tahun 1969, persidangan Majlis Raja-Raja Malaysia telah memutuskan bahawa perlunya suatu badan bagi menggembleng usaha pembangunan dan kemajuan umat Islam di Malaysia, selaras dengan taraf negara Malaysia sebagai sebuah negara Islam yang semakin kukuh serta mendapat perhatian dunia antarabangsa.

Menyedari hakikat itu, satu urusetia kepada Majlis Kebangsaan Hal-Ehwal Ugama Islam Malaysia (MKI) telah ditubuhkan, bagi memelihara kesucian akidah dan ajaran Islam. Urusetia ini kemudiannya telah dikembangkan sebagai Bahagian Ugama, Jabatan Perdana Menteri yang kemudiannya dinaikkan taraf sekali lagi menjadi Bahagian Hal Ehwal Islam (BAHEIS).

Pada 1 Januari 1997, selaras dengan pembangunan dan kemajuan Islam yang bertambah mantap di negara ini, Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) ditubuhkan oleh kerajaan Malaysia sebagai mengambil alih kuasa dan peranan (BAHEIS).