Fungsi utama Jabatan adalah untuk mentadbir dan menguatkuasakan Akta Pertubuhan 1966, Peraturan-Peraturan Pertubuhan 1984 dan dasar-dasar mengenai pertubuhan; mengawal dan mengawasi pertubuhan supaya tidak bertentangan dengan keamanan, kebajikan, keselamatan, ketenteraman awam, ketertiban atau akhlak negara Malaysia serta mengurus dan menyimpan rekod-rekod pendaftaran berkaitan dengan pertubuhan dan cawangan pertubuhan berdaftar.

Aktiviti pendaftaran

Dalam melaksanakan tanggungjawab tersebut, Jabatan menjalankan tugas-tugasnya dari aspek pendaftaran, pengawasan dan pengawalan. Dalam hal ini penumpuan diberi kepada beberapa aktiviti berikut:

• Memproses permohonan untuk mendaftarkan pertubuhan baru dan permohonan untuk kebenaran bagi menubuhkan cawangan pertubuhan.
• Memproses permohonan daripada pertubuhan berdaftar mengenai pertukaran nama dan alamat, pindaan undang-undang, pendaftaran undang-undang baru dan kebenaran menggunakan bendera, lambang dan lencana serta tanda-tanda lain.
• Mendaftar pegawai-pegawai awam bagi pertubuhan untuk urusan pendakwaan di mahkamah.
• Mengesahkan pelantikan pemegang-pemegang jawatan pertubuhan bagi menyempurnakan segala suratcara berkaitan dengan harta takalih pertubuhan.

Aktiviti pengawasan dan pengawalan

Di dalam aktiviti pengawasan dan pengawalan pula, Jabatan bertanggungjawab di dalam:

• Mengawal kegiatan-kegiatan pertubuhan dan cawangan pertubuhan supaya selaras dengan tujuan-tujuan berdaftarnya dan tidak bertentangan dengan keamanan, kebajikan, keselamatan, ketenteraman awam, ketertiban atau akhlak di Malaysia.
• Menyemak penyata kewangan tahunan pertubuhan dan cawangan pertubuhan bagi memastikan kepentingan dan hak ahli-ahli adalah terjamin.
• Menyemak minit mesyuarat, penyata tahunan dan maklumat-maklumat lain yang diperolehi daripada pertubuhan dan cawangan pertubuhan atau daripada agensi-agensi lain bagi memastikan pertubuhan menjalankan kegiatan-kegiatannya berlandaskan undang-undang berdaftarnya dan tidak bercanggah dengan Akta Pertubuhan 1966 atau peraturan-peraturan di bawahnya.
• Menentukan jawatan-jawatan di dalam pertubuhan dan cawangan pertubuhan tidak dipegang oleh orang-orang yang boleh memudaratkan keamanan, kebajikan, keselamatan, ketenteraman awam, ketertiban atau akhlak di Malaysia.
• Menentukan supaya semua pertubuhan berdaftar termasuk cawangan pertubuhan bertindak selaras dengan Perlembagaan Persekutuan dan Perlembagaan Negeri-negeri dalam Malaysia.
• Memastikan semua pemegang jawatan, penasihat dan pekerja pertubuhan dan cawangan pertubuhan adalah sah dan tidak hilang kelayakan mereka di bawah Seksyen 9A, Akta Pertubuhan 1966 untuk memegang atau menjawat jawatan dalam pertubuhan dan cawangan pertubuhan.
• Memastikan hanya mereka yang tidak dikenakan sekatan sekatan di bawah Seksyen 49, Akta Pertubuhan 1966 memegang jawatan di dalam pertubuhan dan cawangan pertubuhan.
• Mengambil tindakan untuk membatalkan pendaftaran pertubuhan dan cawangan pertubuhan yang melakukan kesalahan-kesalahan di bawah Seksyen 2A, 5, 13 dan 16 Akta Pertubuhan 1966.
• Mengambil tindakan mendakwa pertubuhan dan ahli-ahli jawatankuasa pertubuhan yang melanggar peruntukan-peruntukan dalam Akta Pertubuhan 1966.