Fungsi utama jabatan ini adalah untuk mengawal semua 57 pintu masuk sempadan Malaysia dengan membuat pemeriksaan ke atas semua barangan pertanian yang diimport ke negara ini selamat untuk setiap rakyat Malaysia. Jabatan ini juga menghalang kemasukan barangan pertanian yang tidak selamat dan banyak cubaan untuk membawa masuk barangan pertanian yang tidak selamat ke negara ini berjaya disekat.

Selain daripada itu, jabatan ini memberikan perkhidmatan kuarantin, pemeriksaan dan penguatkuasaan di semua pintu masuk sempadan Malaysia.