Terdapat pandangan yang berbeza sama ada asal usul nama itu dari dialek Cina, atau dari kata Jawa. Perkataan jong, jung atau junk boleh didapati dari perkataan Cina untuk kapal (船),[3][4] asalnya disebut sebagai ɦljon di bahasa Cina kuno. Walau bagaimanapun, Paul Pelliot dan Waruno Mahdi menolak asal-usul Cina untuk namanya.[5][6]:38 Lebih dekat adalah "jong" dalam bahasa Jawa, yang bermaksud kapal. Perkataan jong boleh dijumpai dalam prasasti Jawa kuno abad ke-9.[7][8] Perkataan ini memasuki bahasa Melayu dan bahasa Cina pada abad ke-15, apabila senarai perkataan Cina dikenal pasti sebagai istilah Melayu untuk kapal,[9] dengan itu secara praktikal mengeluarkan asal Cina untuk perkataan itu.[7] Undang-undang laut Melayu yang dibuat pada akhir abad ke-15 sering menggunakan perkataan jung untuk merujuk kepada kapal-kapal kargo.[9]

Asal kata "junk" dalam bahasa Inggeris, dapat ditelusuri ke kata Portugis "junco", yang diterjemahkan dari kata Arab j-n-k (جنك). Perkataan ini berasal dari fakta bahawa skrip Arab tidak dapat mewakili digraf "ng".[6]:37 Perkataan ini digunakan untuk merujuk kepada kapal-kapal Jawa / Melayu (jong) dan Cina (chuán), walaupun kapal-kapal itu sangat berbeza. Selepas lenyapnya jong pada abad ke-17, maksud perkataan "junk" (dan kata-kata serupa yang lain dalam bahasa Eropah), yang sehingga itu digunakan sebagai transkripsi perkataan "jong" dalam Bahasa Melayu dan Jawa, mengubah maksudnya hanya merujuk kepada kapal-kapal China sahaja.[10][6]:222

Perkataan "jung" juga boleh dikatakan berasal dari bahasa Cina, iaitu Teow Chew dan Hokkien dari selatan China. Di Teow Chew, jongkong dipanggil "jung" dan di hokkien disebut sebagai "jun". Teknologi perkapalan China mempunyai sejarah yang panjang sejak Dinasti Han (220 SM-200 AD), tetapi pada masa ini masih kapal sungai, bukan kapal laut. Untuk berlayar di lautan, orang Cina pada masa itu lebih suka menunggang kapal-kapal negara "K'un-lun", yang merujuk kepada Jawa dan Sumatra.[3] Orang-orang Nusantara biasanya merujuk kepada kapal-kapal besar Cina sebagai "wangkang", manakala yang kecil sebagai "top".[11] Terdapat juga istilah dalam bahasa Melayu iaitu "cunea", "cunia", dan "cunya" yang berasal dari dialek Cina Amoy 船 仔 (tsûn-á), yang merujuk kepada kapal China berpanjang 10-20 m.[12][13]

Perkataan "djong" sendiri adalah tulisan Belanda untuk jong, kerana huruf j ditulis sebagai dj, sedangkan tulisan di Indonesia digunakan kata "jong".[14]