Pada awal pagi 31 Mac 1964, Jeneral Olímpio Mourão Filho mengarahkan pasukannya mula bergerak ke Rio de Janeiro untuk menggulingkan João.[6]

João menyedari hal tersebut lalu bertolak ke ibukota Brasilia tengah hari keesokan harinya agar hendak menghentikan kudeta ini dengan segala kuasa politiknya.[7] Malang menyebelahinya apabila Auro Moura Andrade, presiden Senat Brazil mula mendapatkan sokongan untuk pihak kudeta tersebut justeru Goulart sudah tangan kosong. Beliau mengumpulkan isteri dan dua anaknya untuk terbang bersama ke Porto Alegre dalam sebuah pesawat Avro 748 milik Tentera Udara Brazil. Andrade isytiharkan jawatan Presiden Brazil sudah "kosong" tidak lama selepas Goulart berlepas.[8]

Pada waktu paginya, Jeneral Floriano Machado memberitahu Goulart bahwa pasukan yang setia kepada kudeta telah bergerak dari Curitiba ke Porto Alegre lalu menggesa beliau meninggalkan Brazil agar tidak ditangkap. Pada 11:45 pagi, Goulart menaiki pesawat Douglas C-47 ke ladang miliknya bersempadan Uruguay. Beliau kekal di situ sehingga 4 April, di mana beliau akhirnya menaiki pesawat menuju Montevideo.[9]